Diễn ra giữa các sự kiện của Free!: Eternal Summer và Free!: Dive to the Future, Free!: Take Your Marks diễn ra vào mùa hè năm ngoái của các học sinh cuối cấp đã tốt nghiệp thông qua bốn câu chuyện khác nhau trước khi họ lên đường đến tương lai.