Mari Sonoda đến cửa hàng dọn dẹp của Keitaro cùng với cháu trai Jotaro và gặp Naoya và Masato, những người đã trở lại. Trong khi đó, Smart Brain, đã trở thành một tổ chức chính phủ, đã chuyển đổi thành một công ty nhằm tiêu diệt toàn bộ sự sống của Orphnoch, và hoạt động này do Kitazaki lãnh đạo.